Hallo Günther,
auch ohne Fehlermeldungstext (der völlig korrekt sehr hilfreich wäre) wahrscheinlich Berechtigungsproblem.
Wenn Du auf den Installationsordner im "Programme-Verzeichnis" keine Schreibberechtigung hast (normaler User unter XP oder Vista, ohne Adminrechte) kann Windows die Einstellungsdatei freecommander.ini nicht speichern.
Korrekt gelöst, indem Du als Admin den FreeCommander startest und bei
Extras >>> Einstellungen >>> Programmstart >>> Konfigurationsdatei
Benutzerspezifisch - "Anwendungsdaten-Ordner" anklickst.
Dann hat jeder User seine eigene Einstellungsdatei in seimem persönlichen Anwendungsdaten-Ordner, auf den er natürlich auch Schreibrechte besitzt.