Sind die Attributte *hidden* bzw. *versteckt* denn gesetzt? Im Normalfall bei diesen Dateien nämlich nicht.
Ganz abgesehen davon, rate ich dir wirklich, nicht die gesamte Festplatte inklusive ROOT-Verzeichnis freizugeben - pakcs doch alles in ein Verzeichnis und gib das frei. Schließlich tummeln sich in dem ROOT-Verzeichnis auch öfter mal temporäre oder Auslagerungsdateien (pagefile.sys o.ä.) - und die haben ja auf dem FTP nichts zu suchen, oder?