Es gibt aber auch noch Programme, die zwar via Autostart gestartet werden (egal ob Autostartordner oder Registry), jedoch eigentlich herkömmliche Programme sind, die mit einem Parameter gestartet werden, und so im Tray landen oder überhaupt im Hintergrund laufen.
AFAIK ist das bei NVIDIA-Treiber (teilen davon) z.b. so.