Was funktioniert denn nicht?
Der äquivalente Befehl heißt fsck (Filesystemcheck), aber afaik gibt es da kein Modul für NTFS...
(Es gibt ja gerade erst seit kurzem Treiber, die auch schreiben können)...
Edit:
Es gibt wohl ein Programm namens ntfsfix, dass einige Fehler korrigieren kann - aber kein vollwertiger Ersatz für checkdisk ist!
http://man.linux-ntfs.org/ntfsfix.8.html


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