Hm, versteh ich dich recht, und du willst Knoppix einfach in einen Ordner auf deiner Windows Partition legen und von dort aus starten?
Wenn das so gemeint ist, dann wird das nicht gehen. Linux verwendet andere Filesystems als fat32 oder ntfs von Windows, also ist eine eigene Partition (ext2, ext3 oder reiserFS, gibt auch noch andere...) unbedingt notwendig.